Después de la ocupación inglesa, nunca volvió a ser iglesia.
(Publicado por D.Jácome)
La iglesia de San Francisco de Asís tiene una historia muy peculiar. La antigua Catedral de La Habana se encontraba donde hoy está el Palacio de los Capitanes Generales. Cuando aquella iglesia se derribó, se decidió trasladar la Catedral a otro templo y fue la iglesia de San Francisco de Asís la que recibiría el gran honor. Antes de ocurrir dicho traslado, los ingleses atacan y toman a La Habana y esto cambia, para siempre el destino del magnífico templo.
En el año 1762 las tropas inglesas de ocupación la seleccionan para sus servicios religiosos e instalaron allí una logia masónica. Razón de más para que el obispo de La Habana nunca tuviera buenas relaciones con los ingleses, terminando preso. Tan pronto se fueron los ingleses de Cuba, el obispo de La Habana declaró el templo de San Francisco de Asís profanado y determinó que esa edificación no podía volver a ser un templo católico y el templo de San Francisco de Asís pasó a ser utilizado para varios usos, pero nunca volvió a ser iglesia.
El primer edificio fue construido entre los años de 1548 a 1591, sufriendo muchas modificaciones hasta su demolición completa en 1719, cuando se inicia la construcción del que aún existe que fue concluido en 1738. Erigido por Fray Juan Romero y cuya torre, la más alta de la época, fue obra de arquitecto José Arcés. Fundado a finales del siglo XVI constituyó el elemento distintivo de la presencia de la Orden Franciscana en el continente americano, quienes tenían como responsabilidad la evangelización de los pobladores de América.
La iglesia fue originalmente de planta basilical de tres naves, sostenidas por doce columnas representando a los doce apóstoles, de la iglesia católica. Su cubierta abovedada es de aristas en las naves laterales, mientras en la nave central es de cañón, apoyada en columnas de planta cruciforme. La gran construcción patrimonial que es el convento con su iglesia, construidos de cantería, usando la típica piedra del litoral conocida como de Jaimanitas, se atribuye al habanero fray Juan Romero como director de obras, mientras que el proyecto de la torre se adjudica al arquitecto José Arcés. Posee un bello patio interior colonial con la típica fuente en el centro, sus galerías en forma de cruz y área verde. Los claustros son amplios y ventilados sumando un total de 111 celdas abiertas en los cuatro lados del patio cuadrilateral central..
En 1739 quedó consagrada por el obispo franciscano Juan Luis Lazo de la Vega y Cancino con rango de Basílica Menor, adjunta en su tiempo a la Basílica San Giovanni Laterano en Roma. Su celebridad hizo que la plaza lateral a este convento franciscano llevara su nombre y hasta hoy sea conocida como Plaza de San Francisco de Asís o de San Francisco. La torre se construyó en el último tercio del siglo XVIII, con 42 metros de altura, la segunda por su altitud en la época colonial, pues solamente la superaba la torre Iznaga en el valle de los ingenios de Trinidad, la cual mide 45 metros.
Después de la decisión del Obispo, el templo nunca volvió a ser iglesia y pasó a ser utilizado para varios usos, incluyendo el de aduana del puerto por muchos años. En 1842 fueron promulgadas las leyes desamortizadoras de los bienes del clero por el Ministerio de Hacienda Español, entonces comenzó un largo período de transformaciones en el edificio, lo cual trajo como resultado la desaparición de incontables valores que eran atesorados allí hasta ese momento.
Posteriormente, en el año 1850, después del paso del ciclón de 1846, demolieron el ábside, el crucero y la cúpula de la Iglesia, debido al mal estado en que se encontraban. Luego de la independencia, en 1907, se destina a la Dirección General de Correos y Telégrafos. En 1916 se transforma nuevamente para acoger la Dirección General de Comunicaciones, que luego se convertiría en ministerio. En 1941 y en 1944 se le hicieron restauraciones, una de ellas por el arquitecto Julio Alemany.
Actualmente restaurado, es centro cultural. Tiene una nave con una acústica irreprochable donde se ofrecen conciertos de música clásica. Las galerías del claustro han sido transformadas en Museo de Arte Religioso.
CUBA en la memoria 